Способ 1: покупатель вносит деньги через аккредитив, часть идёт на досрочное погашение, банк снимает обременение, сделка регистрируется. Самый распространённый вариант.
Способ 2: покупатель берёт ипотеку в том же банке, и долг переводится на него — банк переоформляет залог. Способ 3: продажа с участием банка, когда банк сам проводит расчёты.
В любом случае нужно письменное согласие банка и справка об остатке долга. Если квартира куплена с маткапиталом — ещё и разрешение опеки.